ตามที่เมื่อปี 2563 กรมธนารักษ์ โดยสำนักงานธนารักษ์พื้นที่นครปฐม ได้มีหนังสือจำนวนสองฉบับ ขอให้สำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ (พศ.) สำรวจรังวัดเพื่อนำที่ดินพุทธมณฑล ต.ศาลายา อ.พุทธมณฑล จ.นครปฐม ไปขึ้นทะเบียนที่ราชพัสดุ ตามความเห็นคณะกรรมการกฤษฎีกา ซึ่ง พศ. ไม่เห็นด้วยจึงได้นำคดีดังกล่าวมาฟ้องต่อศาลปกครองกลาง และศาลปกครองกลางมีคำพิพากษาเมื่อวันที่ 19 มี.ค. 2568 เป็นคดีหมายเลขแดงที่ 536/2568 ห้ามมิให้ผู้ถูกฟ้องคดีนำที่ดินพุทธมณฑลเนื้อที่ 2,500 ไร่ ขึ้นทะเบียนเป็นที่ราชพัสดุ เนื่องจากที่ดินดังกล่าวเป็นสาธารณสมบัติกลางตาม พ.ร.บ.คณะสงฆ์ พ.ศ. 2505 โดยได้มีการอุทธรณ์คำพิพากษาต่อศาลปกครองสูงสุดนั้น
เมื่อวันที่ 5 มี.ค. 2569 ศาลปกครองสูงสุดได้มีคำพิพากษาเป็นคดีหมายเลขแดงที่ อ.195/2569 โดยสรุปว่า ศาลพิเคราะห์แล้วเห็นว่า การที่ผู้ถูกฟ้องคดีดำเนินการเพื่อให้มีการขึ้นทะเบียนที่ดินพุทธมณฑลเป็นที่ราชพัสดุ เป็นการกระทำละเมิดต่อผู้ฟ้องคดีหรือไม่ ศาลพิจารณาแล้วเห็นว่า การดำเนินการดังกล่าว เป็นการกระทำโดยไม่ชอบด้วยกฎหมาย และเป็นการกระทำละเมิดต่อผู้ฟ้องคดีตามมาตรา 420 แห่งประมวลกฎหมายแพ่งและพาณิชย์ เนื่องจากที่ดินพุทธมณฑลสร้างขึ้นตามเจตนารมณ์เพื่อเป็น “พุทธานุสรณียสถาน” และถวายเป็นพุทธบูชา ที่ดินพุทธมณฑลเนื้อที่ประมาณ 2,500 ไร่ จึงเป็นทรัพย์สินของพระศาสนา ซึ่งมิใช่ของวัดใดวัดหนึ่งอันเป็นศาสนสมบัติกลาง
สำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ เป็นผู้ดูแลรักษาและจัดการ รวมทั้งเป็นเจ้าของตามมาตรา 40 แห่ง พ.ร.บ.คณะสงฆ์ พ.ศ. 2505 ที่ดินพุทธมณฑลมีสถานะเป็น ที่ดินที่มีกฎหมายเฉพาะบัญญัติยกเว้นไว้ไม่ให้ถือเป็นที่ราชพัสดุ ทั้งนี้ ตามมาตรา 7 (7) แห่ง พ.ร.บ.ที่ราชพัสดุ พ.ศ. 2562
โดยศาลมีคำวินิจฉัย ว่า การที่ศาลปกครองชั้นต้นพิพากษาห้ามมิให้ผู้ถูกฟ้องคดีนำที่ดินพุทธมณฑลเนื้อที่ 2,500 ไร่ ขึ้นทะเบียนเป็นที่ราชพัสดุ คำขออื่นนอกจากนี้ให้ยกนั้น ศาลปกครองสูงสุดเห็นพ้องด้วยในผล พิพากษายืน
