จังหวัดพระนครศรีอยุธยา มีจุดตัดทางรถไฟ (ทางลักผ่าน) มากกว่า 20 จุด กระจายตัวอยู่หลายอำเภอตามแนวเส้นทางรถไฟสายเหนือและสายตะวันออกเฉียงเหนือ โดยจุดตัดทางรถไฟที่สำคัญและเป็นที่รู้จักในเขตอำเภอเมืองและพื้นที่ใกล้เคียง
จุดตัดทางรถไฟสายหลักที่ตัดเสมอระดับถนน มี จุดตัดถนนโรจนะ เป็นจุดตัดขนาดใหญ่ทางทิศใต้ของสถานีรถไฟอยุธยา ซึ่งมีการจราจรหนาแน่น เชื่อมต่อเข้าสู่เกาะเมือง จุดตัดถนนป่าโทน จุดตัดข้ามทางรถไฟสายสั้นๆ ใกล้กับตัวเมืองและตลาด จุดตัดทางเลี่ยงเมือง (ทางหลวงสาย 356) ตัดเชื่อต่อการจราจรเลี่ยงเมือง และจุดตัดทางรถไฟวัดพนัญเชิง จุดข้ามทางรถไฟบริเวณใกล้แยกวัดพนัญเชิง ฯ และอำเภอภาชี (จุดตัดแยกสายเหนือและอีสาน) ที่จุดตัดสถานีรถไฟบ้านภาชี (ย่านชุมชน) และจุดตัดถนนสายเอเชีย (ทางหลวง 32) ซึ่งเป็นจุดตัดทางรถไฟเส้นทางหลักบริเวณอำเภอภาชี ฯ
โดยจุดตัดทางรถไฟวัดพนัญเชิง ใกล้แยกวัดพนัญเชิง (เป็นจุดปิดกั้นรถไฟอัตโนมัติ) ที่มีนักท่องเที่ยวได้ขับรถผ่านจุดตัดนี้หนาแน่น โดยเฉพาะวันหยุดที่นักท่องเที่ยวได้เดินทางมาไหว้พระที่วัดพนัญเชิง และวัดใหญ่ชัยมงคล โดยเฉพาะวันเสาร์ – อาทิตย์ จะมากเป็นพิเศษ ความอันตรายของจุดปิดกั้นนี้ จะเป็นถนนสามแยก ซึ่งมีการจอดรถรอกันค่อนข้างยาว ไม้ปิดกั้นจะเป็นไม้ปิดกั้นสองด้านของถนน จะมีช่องว่างระหว่างไม้ ซึ่งมีรถจักรยานยนต์ฝ่าฝืนกฎจราจร ทำให้เกิดอุบัติเหตุถึงแก่ชีวิตหลายราย
ร.ต.ต.ธานี โพธิ์ชีพันธ์ รองนายกเทศมนตรีเทศบาลเมืองอโยธยา ได้กล่าวถึงเรื่องอุบัติเหตุรถไฟชนรถเมล์บริเวณ ถ.อโศกดินแดง แยกพระราม 9-แยกอโศกเพชร บริเวณทางรถไฟมักกะสัน น่าจะเกิดจากตัวบุคคลที่เกี่ยวข้อง เช่น คนขับรถไฟ คนให้สัญญาณไฟและธง คนขับรถเมล์ และระบบการจราจร ฯ สำหรับที่จังหวัดพระนครศรีอยุธยา ที่สำคัญที่สุดก็น่าจะมาจาก “ไม้ปิดกั้นรถไฟอัตโนมัติ ” แถวบริเวณถนนวัดพนัญเชิง – วัดใหญ่ชัยมงคล ที่มีจุดตัดทางรถไฟก่อนเข้าสถานีรถไฟอยุธยา ที่จะต้องปิดให้รถหยุดทั้งขาไปและขากลับ แม้กระทั่งรถจักรยานยนต์ หรือคนเดิน ก็ผ่านไม่ได้ สืบเนื่องจากอันตรายของขบวนรถไฟที่วิ่งบนราง และความเร็วที่ชะลอหรือ หยุดยาก ซึ่งบริเวณจุดปิดกั้นรถไฟแห่งนี้ในพื้นที่มีผู้เสียชีวิต 4-5 ราย และที่ผ่านมาเกิดอุบัติเหตุนับไม่ถ้วน จึงอยากให้ทางการรถไฟแห่งประเทศไทยได้แก้ไขไม้ปิดกั้นรถไฟให้เป็นไม้ยาวและปิดให้เด็ดขาด
