จากการที่มีประชาชนวิตกกังวลหากน้ำท่วม จะทำให้บ่อขยะได้รับผลกระทบส่งมลพิษออกมาจากทางน้ำ นางสมทรง พันธ์เจริญวรกุล นายก อบจ.พระนครศรีอยุธยา เปิดเผยว่า ศูนย์กำจัดขยะต้นแบบจังหวัดพระนครศรีอยุธยา ที่ก่อสร้างโดยสำนักปลัดกระทรวงมหาดไทย และส่งมอบให้ อบจ.พระนครศรีอยุธยาดูแล เป็นการออกแบบดำเนินการก่อสร้างภายหลังจาก จ.พระนครศรีอยุธยา ประสบภัยน้ำท่วมหนักใน ปี พ.ศ. 2554 มีออกแบบก่อสร้างเผื่อสำหรับเพื่อรองรับปัญหาน้ำท่วม ดังเช่นกรณีน้ำท่วมหนักใน ปี 2554 ไว้ด้วยแล้ว มีการถมดินสร้างแนวเขื่อนพร้อมปูพื้นด้วยแผ่น PE ไว้รอบบ่อขยะ เป็นต้น ตลอดทั้งบ่อฝังกลบขยะทุกบ่อภายในศูนย์จัดการขยะฯ มีการปูพื้นด้วยแผ่น PE ที่ได้มาตรฐาน และออกแบบระบบบำบัดน้ำเสียที่มีมาตรฐาน โดยเฉพาะเมื่อปี พ.ศ. 2564 และ พ.ศ. 2565

องค์การบริหารส่วนจังหวัดฯ ได้ใช้งบประมาณจำนวนไม่น้อยกว่า 50 ล้านบาท เพื่อปรับปรุงระบบท่อรวบรวมน้ำเสียจากขยะ และท่อรวบรวมน้ำฝน พร้อมทั้งก่อสร้างระบบบำบัดน้ำเสียที่ได้มาตรฐานเพื่อร้องรับปริมาณน้ำฝน และน้ำเสียทั้งหมดได้อย่างเพียงพอ ดังนั้นจึงยืนยันว่า ศูนย์จัดการขยะฯ สามารถจัดการกับน้ำฝนในปริมาณมาก และปัญหาน้ำท่วมดังเช่น กรณีน้ำท่วมหนักในปี พ.ศ. 2554 ไม่ให้ก่อให้เกิดปัญหาด้านสิ่งแวดล้อมหรือปัญหาด้านสุขภาพของประชาชนได้อย่างแน่นอน และยังมีการตรวจคุณภาพน้ำใต้ดินโดยรอบอย่างต่อเนื่องด้วย.