หลังจากที่ ตราด เอฟซี และ บ้านค่าย ยูไนเต็ด ไม่ส่งทีมเข้าร่วมการแข่งขัน ไทยลีก 3 ฤดูกาล 2569/70 ทำให้มีบทลงโทษตามมาแล้ว โดยวันที่ 4 ส.ค. 69 คณะกรรมการพิจารณาวินัย มารยาท สมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทยฯ จัดประชุม ครั้งที่ 1 ประจำฤดูกาล 2569/70 มี นายวัชรินทร์ ภาณุรัตน์ เป็นประธาน
กรณี 2 ทีมดังกล่าว สมาคมกีฬาฟุตบอลฯ แจ้งผลได้รับอนุญาตเข้าร่วมแข่งขันไทยลีก 3 ฤดูกาล 2569/70 แล้ว เมื่อ 9 ก.ค. 69 แต่ บ้านค่าย ส่งหนังสืองดส่งทีม ลงวันที่ 14 ก.ค. 69, ตราด ส่งหนังสือขอยุติการส่งทีม ลงวันที่ 22 ก.ค. 69
คณะกรรมการฯ มีมติเอกฉันท์ ลงโทษทั้ง 2 ทีม กรณีขอยุติการส่งทีมแข่งขันไทยลีก 3 หลังจากได้รับแจ้งผลการพิจารณาออกใบอนุญาตสโมสรแล้ว ให้ทั้ง 2 สโมสร ชดใช้เงินจำนวน 1,000,000 บาท รวมถึงชดใช้ค่าเสียหายที่เกิดขึ้นจริงแก่สมาคมฯ หรือผู้ร้อง และต้องส่งเงินสนับสนุนสำหรับฤดูกาลใหม่ที่ได้รับไปแล้วทั้งหมดคืน และจะต้องพ้นจากการเป็นสมาชิกภาพของสมาคม นอกจากนี้จะเสนอต่อสภากรรมการสมาคมกีฬาฟุตบอลฯ พิจารณาระงับสมาชิกภาพ และพิจารณาเสนอต่อที่ประชุมใหญ่ ถอดถอนจากสมาชิกภาพ
