สืบเนื่องจากกรณีเมื่อวันที่ 29 ต.ค. 65 มูลนิธิเข้าแจ้งความขอความช่วยเหลือจาก สภ.อัมพวา จ.สมุทรสงคราม หลังพบเด็กที่อยู่ในความดูแลของมูลนิธิคุ้มครองเด็ก ซึ่งเป็นของ นายมนตรี หรือครูยุ่น 61 ปี ถูกทำร้ายร่างกาย โดยมีวิดีโอปรากฏภาพเด็กจำนวนหนึ่งถูกครูยุ่นใช้ไม้ตี 8 ราย และพบว่ามีเด็กทั้งหมด 33 คน ที่เคยถูกครูยุ่นลงโทษด้วยการทุบตีหลายครั้ง นอกจากนี้ยังพบว่าถูกบังคับให้ไปทำงานที่บ้านแม่น้ำรีสอร์ท ที่ จ.สมุทรสงคราม ซึ่งเป็นของ นางพิมล ซึ่งเป็นภรรยาของครูยุ่น โดยให้ทำหน้าที่ทำความสะอาด และเปลี่ยนผ้าปูที่นอน โดยให้ค่าแรงคนละ 40-60 บาท แต่หากไม่ทำก็จะถูกหักเงินค่าขนม

เกี่ยวกับเรื่องนี้ เมื่อวันที่ 24 พ.ค. ที่สโมสรตำรวจ ถนนวิภาวดีรังสิต พล.ต.อ.สุรเชษฐ์ หักพาล รองผบ.ตร. แถลงปิดคดีมูลนิธิคุ้มครองเด็ก หรือบ้านพักเด็กครูยุ่น โดยเปิดเผยว่า ได้สรุปสำนวนสั่งฟ้องผู้ต้องหา 3 ราย ประกอบด้วย นายมนตรี หรือครูยุ่น ดำเนินคดีฐานเป็นผู้ปกครองสวัสดิภาพโดยไม่ได้รับการแต่งตั้ง, เป็นผู้ปฏิบัติงานในสถานสงเคราะห์เด็ก ทำร้ายร่างกายหรือจิตใจหรือลงโทษเด็กที่อยู่ในความปกครองดูแลโดยวิธีการรุนแรงประการอื่น, กระทำอันเป็นการทารุณกรรมต่อร่างกายหรือจิตใจของเด็ก, ทำร้ายร่างกายผู้อื่นไม่ถึงกับเป็นอันตรายแก่กายหรือจิตใจ และทำร้ายร่างกายผู้อื่นจนเป็นเหตุให้เกิดอันตรายแก่กายหรือจิตใจ, ร่วมกันบังคับใช้แรงงานโดยทำให้กลัวว่าจะเกิด อันตรายต่อร่างกาย ขู่เข็ญด้วยประการใดๆ กระทำด้วยประการอื่นใดอันมีลักษณะคล้ายคลึงกันกับการกระทำ ดังกล่าวข้างต้นและได้กระทำให้ผู้ถูกกระทำนั้นอยู่ในสภาวะที่ไม่อาจขัดขืนได้, ร่วมกันกระทำความผิดฐาน ร่วมกันเป็นนายจ้างจ้างเด็กอายุต่ำกว่า 15 ปี เป็นลูกจ้าง, ร่วมกันเป็นนายจ้างจ่ายค่าจ้างให้แก่ลูกจ้างน้อยกว่า อัตราค่าจ้างขั้นต่ำ, ร่วมกันเป็นนายจ้าง จ้างเด็กอายุต่ำกว่า 18 ปีเป็นลูกจ้างโดยมิได้แจ้งการจ้างลูกจ้างซึ่งเป็น เด็กนั้นต่อพนักงานตรวจแรงงานภายใน 15 วัน นับแต่วันที่เด็กทำงาน ร่วมกันกระทำด้วยประการใดอันเป็นการ แสวงหาประโยชน์จากเด็ก 

นางพิมล อายุ 61 ปี ดำเนินคดีฐาน ร่วมกันบังคับใช้แรงงานโดยทำให้กลัวว่าจะเกิดอันตรายต่อ ร่างกาย ขู่เข็ญด้วยประการใดๆกระทำด้วยประการอื่นใดอันมีลักษณะคล้ายคลึงกันกับการกระทำดังกล่าวข้างต้นและได้กระทำให้ผู้ถูกกระทำ นั้นอยู่ในสภาวะที่ไม่อาจขัดขืนได้, ร่วมกันกระทำความผิดฐาน ร่วมกันเป็นนายจ้างจ้างเด็กอายุต่ำกว่า 15 ปีเป็นลูกจ้าง, ร่วมกันเป็นนายจ้างจ่ายค่าจ้างให้แก่ลูกจ้างน้อยกว่าอัตราค่าจ้างขั้นต่ำ, ร่วมกันเป็นนายจ้าง จ้างเด็กอายุ ต่ำกว่า 18 ปีเป็นลูกจ้างโดยมิได้แจ้งการจ้างลูกจ้างซึ่งเป็นเด็กนั้นต่อพนักงานตรวจแรงงานภายใน 15 วัน นับแต่วันที่เด็กทำงาน, ร่วมกันกระทำด้วยประการใดอันเป็นการแสวงหาประโยชน์จากเด็ก 

นายแก้วสรร เป็นประธานกรรมการฯ มูลนิธิคุ้มครองเด็ก ดำเนินคดีฐาน เป็นผู้ได้รับใบอนุญาตจัดตั้งสถานสงเคราะห์ไม่ยื่นขอแต่งตั้งผู้ปกครองสวัสดิภาพเด็ก แต่ยังกระทำการเป็นผู้ปกครองสวัสดิภาพ

นอกจากนี้ยังพบความเกี่ยวกับนำตู้บริจาคที่พบว่าไปเรี่ยไรเงินกว่า 300 จุดทั่วประเทศของมูลนิธิคุ้มครองเด็กดังกล่าวทางเจ้าหน้าที่ตำรวจได้ดำเนินคดีตาม พ.ร.บ.เรี่ยไรเงิน เพราะเป็นการตั้งตู้บริจาคโดยมิได้รับอนุญาต และส่งเส้นทางการเงินให้ทางสรรพากรตรวจสอบแล้ว ซึ่งหากตรวจสอบแล้วไม่เข้าข่ายเงินบริจาคก็ต้องเสียภาษี และถ้าเอาไปใช้ส่วนตัวก็ต้องดูว่าจะเข้าความผิดฐานใดเพิ่มเติม จึงได้ร้องทุกข์ดำเนินคดีกับมูลนิธิคุ้มครองเด็ก พร้อมกรรมการ 6 คนในพื้นที่ สน.โชคชัย ในความผิดฐานทำการเรี่ยไรโดยไม่ได้รับอนุญาต โดยออกหมายเรียกผู้ต้องหามารับทราบข้อกล่าวหาในวันที่ 24 พ.ค. แต่ทางผู้ต้องหาได้ส่งทนายมาเลื่อนออกไปอีก 2 สัปดาห์ถัดไป.